没结婚证发现孩子不是男方的

在用户咨询的情况中，如果双方对孩子抚养权协商不成，提起诉讼时，法院会依据《民法典》的相关规定来判决。具体来说，法院会参照《民法典》第一千零八十四条关于父母与子女间的关系规定，以及第一千零八十四条至第一千零八十六条关于离婚后子女抚养权判决的原则，如两周岁以下子女一般归女方抚养，已满两周岁的根据子女权益和双方具体情况判决，已满八周岁的尊重其真实意愿。这些法律规定确保了孩子抚养权判决的公正性和合理性。
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从法律角度，确保非婚生子女的合法权益不受侵害，应做到以下几点：一是明确非婚生子女与婚生子女享有同等权利；二是在抚养权纠纷中，法院应依据子女权益最大化原则进行判决；三是确保非婚生子女在继承、教育等方面不受歧视；四是鼓励双方通过协商、调解等方式，和平解决抚养权等纠纷，减少对孩子的影响。
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除了协商和诉讼，双方还可以考虑通过调解来解决孩子的抚养权问题。调解可以在法院、人民调解委员会等机构进行，由专业调解员协助双方达成抚养权协议。若调解成功，协议具有法律效力，双方应遵守。若调解不成，再考虑提起诉讼。